Regione Lombardia ha individuato un modello di attuazione che, nel rispetto delle disposizioni della delibera CIPE 166/2007 ed in coerenza con gli indirizzi contenuti nel QSN 2007-2013 in ordine alle modalità di governance dei programmi attuativi della strategia di politica regionale unitaria, prevede le seguenti Autorità e Organismi:

• Responsabile della Programmazione e Attuazione.
  E' Responsabile della programmazione e dell’attuazione del programma FSC nel suo complesso (art. 3.2 Del. CIPE 166/2007) e, a tal fine svolge funzioni di coordinamento generale e monitoraggio della realizzazione degli interventi.
• Responsabile dell’attuazione di ciascuna linea d’azione.
  I Responsabili dell’attuazione di ciascuna linea di azione del PAR FSC 2007-2013 sono individuati, in relazione alle loro funzioni e competenze specifiche, nei Direttori Generali delle Direzioni competenti e/o Dirigenti della Presidenza o loro delegati.
• Organismo di Certificazione
  E' l'Autorità abilitata a richiedere i pagamenti del FSC e coincidente con l’autorità di certificazione dei Fondi Strutturali.
• Autorità Ambientale
  L'Autorità assicura efficacia e continuità in fase attuativa al processo di valutazione ambientale strategica del Programma.
• Autorità preposta all’applicazione del principio di pari opportunità e non discriminazione
  L'Autorità garantisce il supporto necessario per sostenere le pari opportunità tra donne e uomini e il principio di non discriminazione, in particolare, nella fase di formulazione dei bandi di accesso alle risorse, introducendo priorità e criteri di valutazione che permettano di verificare l’impatto di genere delle attività proposte.
• Autorità Centrale di Programmazione e Attuazione (ACCP)
  Istituita presso la Presidenza garantisce l'unitarietà dell'azione regionale attraverso l'integrazione tra Programmi (Fondi Strutturali, FEASR, FSC) a livello di indirizzo, di controllo, di comunicazione e informazione.
• Organismo di Sorveglianza (OdS)
  Svolge la funzione di sorvegliare sull'efficacia e qualità nell'attuazione del programma.