Nella programmazione 2007- 2013 la novità più saliente riguarda tuttavia gli obiettivi, che rimangono tre ma diventano: convergenza, competitività regionale e occupazione e cooperazione territoriale, per un importo globale di finanziamento pari a circa 308 miliardi di euro, corrispondenti al 35,7% del bilancio comunitario. 

Il raggiungimento di questi obiettivi viene garantito dai fondi strutturali messi a disposizione. La Regione Lombardia è chiamata a realizzare solo due dei tre obiettivi dichiarati dalla Comunità Europea; di fatto accede quindi solo a due dei tre fondi messi a disposizione.

• l'Obiettivo 2: "Competitività regionale e occupazione", che punta a rafforzare la competitività e le attrattive delle regioni e l'occupazione anticipando i cambiamenti economici e sociali, inclusi quelli connessi all'apertura degli scambi, mediante l'incremento e il miglioramento della qualità degli investimenti nel capitale umano, l'innovazione e la promozione della società della conoscenza, l'imprenditorialità, la tutela e il miglioramento dell'ambiente e il miglioramento dell'accessibilità, dell'adattabilità dei lavoratori e delle imprese e lo sviluppo di mercati del lavoro inclusivi. Ad esso è complessivamente attribuito il 15,95% del totale, circa 49 miliardi di euro.
• l'Obiettivo 3 :"Cooperazione territoriale europea", che è inteso a rafforzare la cooperazione transfrontaliera mediante iniziative congiunte locali e regionali, a rafforzare la cooperazione transnazionale mediante azioni volte allo sviluppo territoriale integrato connesse alle priorità comunitarie e a rafforzare la cooperazione interregionale e lo scambio di esperienze al livello territoriale. Questo obiettivo può contare sul 2,52% delle risorse globali, 7,75 miliardi di euro.

Le attività dei Fondi sono svolte sotto forma di programmi operativi che coprono un periodo compreso tra il 1° gennaio 2007 e il 31 dicembre 2013.

I programmi includono valutazioni, piani di finanziamento, disposizioni di attuazione e l'identificazione degli assi prioritari. Un programma operativo può riguardare solo un unico obiettivo.