L'Autorità di Audit è responsabile della verifica dell'efficace funzionamento del sistema di gestione e di controllo.

Essa esercita le sue funzioni in piena indipendenza sia dall'Autorità di Gestione che dall'Autorità di Certificazione, determinando autonomamente la propria strategia di audit, la programmazione dell'attività, la pianificazione delle singole missioni di audit, la comunicazione degli esiti e l'attuazione delle missioni di follow up.

L'Autorità di Audit adempie a tutte le funzioni corrispondenti a quanto definito dal Regolamento (CE) 1083/2006, secondo le modalità attuative definite dal Regolamento (CE) della Commissione n. 1828/2006; in particolare, essa è incaricata dei compiti seguenti:

a) garantire che le attività di audit siano svolte per accertare l'efficace funzionamento del sistema di gestione e di controllo del programma operativo;

b) garantire che le attività di audit siano svolte su un campione di operazioni adeguato per la verifica delle spese dichiarate;

c) presentare alla Commissione, entro nove mesi dall'approvazione del programma operativo, una strategia di audit riguardante gli organismi preposti alle attività di audit di cui alle lettere a) e b), la metodologia utilizzata, il metodo di campionamento per le attività di audit sulle operazioni e la pianificazione indicativa delle attività di audit al fine di garantire che i principali organismi siano soggetti ad audit e che tali attività siano ripartite uniformemente sull'intero periodo di programmazione;

d) entro il 31 dicembre di ogni anno, dal 2008 al 2015:

• presentare alla Commissione un rapporto annuale di controllo che evidenzi le risultanze delle attività di audit effettuate nel corso del periodo precedente di 12 mesi che termina il 30 giugno dell'anno in questione conformemente alla strategia di audit del Programma Operativo e le carenze riscontrate nei sistemi di gestione e di controllo del Programma,
• formulare un parere, in base ai controlli ed alle attività di audit effettuati sotto la propria responsabilità, in merito all'efficace funzionamento del sistema di gestione e di controllo, indicando se questo fornisce ragionevoli garanzie circa la correttezza delle dichiarazioni di spesa presentate alla Commissione e circa la legittimità e regolarità delle transazioni soggiacenti,
• presentare, nei casi previsti dall'art. 88 del Reg. (CE) del Consiglio n. 1083/2006, una dichiarazione di chiusura parziale in cui si attesti la legittimità e la regolarità della spesa in questione;

e) presentare alla Commissione, entro il 31 marzo 2017, una dichiarazione di chiusura che attesti la validità della domanda di pagamento del saldo finale e la legittimità e la regolarità delle transazioni soggiacenti coperte dalla dichiarazione finale delle spese, accompagnata da un rapporto di controllo finale.